Sementara itu, Edward dan Alphonse juga harus menghadapi konsekuensi dari kekuatan alkimia dan keputusan mereka di masa lalu, serta menghadapi musuh-musuh yang ingin menghentikan mereka.
Dalam prosesnya, mereka belajar bahwa kekuatan yang mereka miliki juga memerlukan pengorbanan dan bahwa tidak ada jalan pintas untuk mendapatkan apa yang mereka inginkan.
Fullmetal Alchemist: Brotherhood memiliki plot yang kompleks dan menggugah emosi, karakter yang kuat dan berkembang, serta animasi yang luar biasa.
Seri ini juga membahas tema-tema tentang keluarga, persahabatan, kekuasaan, dan moralitas. ***